Un'altra ipotetica sposa per Francesco Giuseppe fu la principessa: Anna di Prussia, nipote del re di Prussia.
Era la figlia più giovane del principe Carlo di Prussia, e di sua moglie, la principessa Maria di Sassonia-Weimar-Eisenach.
La sorella di Sofia, Elisabetta, era divenuta per matrimonio regina di Prussia e si pensava perciò che il matrimonio concordato non fosse altro che una questione di intese tra famiglie regnanti.
Essendo una giovane e bella principessa, essa fu oggetto di molte attenzioni alla corte prussiana. Non si badò al fatto che la prescelta fosse già fidanzata con un principe tedesco e che ella non nutrisse alcun interesse nei confronti di Francesco Giuseppe.

In ogni caso, Anna era già fidanzata all'epoca e, in aggiunta a questo, vi era la complicazione della forte opposizione tra gli statisti prussiani contro un'alleanza con l'Austria. Se ci fossero state solo ragioni del cuore a impedire l'unione, probabilmente il matrimonio sarebbe stato celebrato comunque, ma vi si opposero motivi strettamente politici.
La madre di Francesco Giuseppe chiese: «c'è qualche speranza che questo triste matrimonio, che stanno imponendo all'affascinante Anna e che non le lascia alcuna prospettiva di felicità, possa venir impedito?», purtroppo i suoi sforzi non vennero coronati da successo.

Anna, oltre ad essere bella, era anche una donna molto intelligente che presiedeva a salotti di corte dove si riunivano importanti artisti e musicisti. Lei stessa era una pianista di grande talento ed abilità, educata con metodo classico da Theodor Kullak. Fatto insolito per una langravina assiana, si convertì al cattolicesimo nel 1901, che portò a delle complicazioni a livello politico.Anna morì il 12 giugno 1918, a Francoforte, all'età di ottantadue anni; venne sepolta nella cattedrale di Fulda, davanti all'altare di Sant'Anna.